胸腺是人體內體的重要淋巴器官，因此胸腺的功能是與免疫緊密相關。臨床出現的胸腺問題主要是與胸腺疾病有關，常見的問題有胸腺發育不全、胸腺瘤、胸腺脂肪瘤、神經內分泌細胞瘤等。

目前臨床常見的胸腺問題有很多，其中比較常見的是胸腺發育不全，也就是迪喬治氏綜合征、咽囊綜合征。還有一類與腫瘤有關，比如惡性淋巴瘤、精原細胞瘤、畸胎瘤、胸腺脂肪瘤、神經內分泌細胞瘤等問題。