小三陽的發生和乙肝病毒感染有關，此病毒侵入人體以后，會激活人體的免疫細胞，從而產生對抗作用。在此過程中，有部分乙肝病毒可能會被殺死，但仍然有部分留存，但其傳染性已經降低，臨床將此種情況稱為乙肝小三陽。

患者得小三陽的途徑主要包括，日常與乙肝患者親密接觸或曾經接觸過乙肝患者的血液或體液等。小三陽患者是已經接受過乙肝治療的病人，其體內病毒已經處于休眠狀態，傳染性較弱。