二三腳趾頭根部疼痛的原因有可能是運動過度、足底筋膜炎、痛風、無菌性炎癥、風濕疾病、骨刺等導致的。建議可以通過熱敷或按摩來緩解。建議最好拍片去檢查病因，這段時間要多休息，避免長時間的走路。

一，跖骨頭炎，由于活動，工作姿勢的不正確，跖骨與趾骨關節會引起無菌性炎癥，病人會有二三腳趾頭根部疼痛的，運動鍛煉以后疼痛加重，嚴重的活動受限，走路障礙。二，足底筋膜炎，跑步，長期走路過多，走路姿勢不正確，會形成足底筋膜炎的，患者會出現二三腳趾頭根部疼痛的。三，骨刺增生，二三腳趾頭根部，趾骨與跖骨形成的骨刺增生，會使病人出現二三腳趾頭根部疼痛。