腦血栓大多是由于心臟房顫形成血栓，隨著血液循環到達腦部引起的。腦梗是由于腦部血管動脈硬化，局部斑塊形成引起的。腦血栓需要使用通脈溶栓的藥物治療，腦梗需要使用通脈化斑塊的藥物治療。

腦梗塞和腦栓塞都是神經內科最常見的一種疾病。它們最終的臨床癥狀基本一致。但是他們的發病過程不一樣，腦梗塞是由于腦動脈本身粥樣硬化，管腔狹窄，腦動脈內壁血栓形成，導致腦血管的堵塞。而腦栓塞是由于其它部位器官的栓子脫落沿著血管運行到腦動脈血管內堵塞腦動脈血管引起的。