同時伴有腦炎和腦萎縮，需要進行抗感染治療，不同類型的腦炎使用不同的抗菌藥或抗病毒藥，必要時需使用糖皮質激素，同時要控制高熱驚厥。腦萎縮需使用改善認知功能的藥物治療，只能延緩病情發展，腦萎縮無法完全治愈。

因為孩子處于生長發育期，大多數如果功能訓練和語言訓練得當的話，預后比成人的腦萎縮會好很多，所以目前孩子需要功能語言的訓練。建議在兒童醫院的康復科治療，是這樣的，要一步一步來，不能著急的，這種情況目前都難以確定，只有繼續觀察等待了，可以給孩子吃點乳果糖口服液，或者吃媽咪愛等益生菌也可以的，那就吃乳果糖或者給孩子用開塞露應急一下，乳果糖口服溶液，味道還可以，可以放到奶粉里面，可以吃到三歲。