安宮牛黃丸對腦神經起到保護的作用，可以有效的提高腦細胞的生存時間，從而提高腦細胞的抗氧化能力，還可以促進腦血流量。因此本品可以治腦血栓，并且有較好的緩解作用。

臨床上安宮牛黃丸治療腦血栓的效果，可以說它只是一個輔助用藥，效果并不確切。早期如果在時間窗之內，可以給予患者進行溶栓、降纖甚至采取手術取栓的方式進行治療。其他的可以配合一些中成藥物，抗血小板的藥物、改善供血的藥物，比如臨床用的丹參或者克林澳等藥物改善供血，能取得一定的效果。安宮牛黃丸對于腦血栓的治療臨床上是不確切的，它是中成類藥物，一般都應用于患者發燒退燒，其他方面不應用這個藥物，而且價格也比較貴，效果并不確切，沒有一個循證醫學的證據。所以臨床上對于腦血栓的患者治療，還是采取西醫的方式進行治療。早期干預，越早處理效果越好。