甲硝唑屬于抗生素，對厭氧菌和厭氧菌原蟲具有很好的抑制作用，可以預防和治療厭氧菌感染，與破傷風抗毒素聯合使用，可以治療破傷風。甲硝唑還可抑制缺氧的腫瘤細胞增值。

臨床上甲硝唑是一種消炎藥物，通常可以用來治療婦科的陰道炎，以及治療牙痛都有很好的效果，一般還會用來治療小袋蟲病。目前臨床上也會將甲硝唑廣泛用于治療厭氧性的一些感染。因為這種藥物在殺滅滴蟲的作用是很強的，而且它在人體中生成代謝物，也是具有一定的抗厭氧菌的作用。