再生障礙性貧血的原因主要有免疫異常、血干細(xì)胞質(zhì)量異常和數(shù)量減少、造血微環(huán)境異常等方面。主要由于物理射線、化學(xué)毒物等原因造成骨髓造血功能衰退，從到導(dǎo)致再生障礙性貧血。

實(shí)驗(yàn)研究證明造血干細(xì)胞缺乏或有缺陷是再生障礙性貧血的主要發(fā)病機(jī)理，至少的再障是由于造血干細(xì)胞缺乏引起的，通常將骨髓血干細(xì)胞比作“種子”，它可以增殖、分化、發(fā)育成為紅細(xì)胞、粒細(xì)胞和血小板，若造血干細(xì)胞缺乏，可使全血細(xì)胞減少。