自身免疫性腦炎的患者可能會伴有癲癇發作、認知記憶功能障礙等后遺癥，也可能伴有等焦慮、抑郁等心理障礙。有時患者還會伴有精神異常、行為異常等后遺癥，沒有辦法正常工作與學習。

自身免疫性腦炎可導致以下后遺癥：1、意識障礙。嚴重的自免腦患者可出現嗜睡、昏睡甚至昏迷。2、癲癇發作。患者可反復出現癲癇發作，以全面發作為主，治療較一般癲癇更為困難。3、精神行為異常。患者可有行為異常、胡言亂語等癥狀，有些病人甚至可有被害妄想和幻覺。4、癡呆。可表現為記憶力、計算力、注意力和執行能力的下降。