判斷睪丸萎縮的主要方式就是進行彩超檢查，可以明確睪丸的大小，診斷出是否出現萎縮。此外還可以通過局部癥狀判斷，比如患者的兩個睪丸明顯一大一小，并且較小的睪丸長期伴有疼痛，或者是急性持續性疼痛。

判斷睪丸是否萎縮，主要可以通過手觸摸睪丸將兩側睪丸大小的對比。這個最好是本人自己來做，因為自己更加了解自己過去睪丸的狀態，兩側睪丸大小是否出現較大偏差。如果感覺有明顯的變小趨勢，就要考慮睪丸存在萎縮的可能。另外臨床上主要通過陰囊睪丸彩超檢查來判斷，這個檢查最為直觀，可以做到睪丸大小的精確測量。目前認為睪丸體積小于10ml表明睪丸體積偏小，如果排除先天性原因，就存在睪丸萎縮的可能。