真菌感染在治療上主要以抗真菌治療為主，如果真菌引起足癬發生，可以給予酮康唑、克霉唑軟膏進行治療，如果真菌引起陰道炎發生，可以給予克霉唑陰道栓進行治療，嚴重的同時口服氟康唑治療。

真菌感染分為淺表部和深部，治療也是不一樣的。一般淺表部真菌感染治療的話首選抗真菌藥物，比如唑類藥物克霉唑、酮康唑、咪康唑霜劑等抗真菌藥物。而深部真菌感染一旦形成感染灶的話，除了藥物治療外，還得根據病情指征進行外科手術治療，如肺部膿腫、結節、心內膜炎心瓣膜贅生物等。