a+c流腦疫苗會導致孩子在注射后身體出現發燒癥狀，大多數發燒的范圍在37度至38.5度之間，其次也有的孩子注射a+c流腦疫苗后出現皮疹。另外還會有頭痛、頭暈、嘔吐以及腹瀉等癥狀出現。

很多疫苗注射之后都會有反應，流腦a+c疫苗的不良反應相對要多一些。接種本疫苗后，反應輕微，一般無嚴重的局部反應和全身反應。個別兒童接種后，局部出現紅暈、輕微疼痛1—2天；全身反應有低熱，1%—4%的受種者可出現超過38.5℃的發熱；偶有過敏反應。大多數接種者在接種后10—24小時出現，一般1—2天自行恢復，必要時可對癥治療。