卵巢巧克力囊腫是指正常的子宮內膜組織出現在子宮腔以外的部位，并且異位的內膜組織，可以受體內卵巢激素的變化影響，可以增長甚至出血，長期的增長和出血，導致局部逐漸變大呈包塊狀，并且里面的分泌物類似咖啡色，可以通過手術進行切除。

卵巢巧克力囊腫是子宮內膜異位癥的表現。子宮內膜異位癥是正常的子宮內膜組織，出現在子宮腔以外的地方。異位的子宮內膜組織具有活性，可以隨卵巢激素的變化發生增生和出血，長期的增生和出血在局部形成包塊，里面的內容物像咖啡色一樣。巧克力囊腫可以通過手術切除治療。