肝膽管結石主要以外科手術治療為主，發病后可以先通過藥物治療來緩解不適癥狀，患者出現高熱癥狀時，使用布洛芬或者乙酰氨基酚等退燒藥來治療。同時還應使用止痛藥以及利膽排石藥物進行治療，患者出現肝葉病變、膽管內結石難以取盡以及膽管狹窄較為嚴重時，可以進行肝切除術治療。如果患者的肝段萎縮不明顯以及膽管無嚴重狹窄時，可以進行膽管切開取石手術治療。