肛瘺可以不做手術治療，肛瘺患者間歇期沒有明顯癥狀的時候，可以用藥物治療。此外患者處于發作期出現流膿或紅腫等表現，不適合進行手術治療，可以用高錳酸鉀溶液或溫水進行坐浴，患者出現全身感染的時候，要遵醫囑用青霉素或頭孢等消炎的藥物治療。另外患者出現單純肛瘺的時候，還要用生理鹽水進行沖洗，然后再用生物蛋白膠注射到局部治療。患者平時要避免長時間久坐，要保持肛門部位清潔。