病毒性扁桃體炎通常具有自限性，患者無需特殊治療，可用溫水或淡鹽水漱口，保持口腔內清潔，減少細菌感染；若是細菌性扁桃體炎，首選青霉素類藥物或是頭孢菌素類藥物抗炎治療，青霉素類藥物過敏的患者可以服用阿奇霉素、甲硝唑。扁桃體炎嚴重可引起發熱、咽喉疼痛，體溫超過38.5度的患者可服用退燒藥物，咽痛癥狀嚴重時可口服止痛藥或是含漱復方硼砂溶液消炎。