真菌性角膜炎主要的治療方法是藥物治療。如果真菌性角膜炎的癥狀不是很嚴重，可以局部使用嘧啶類、咪唑類、多烯類等藥物進行抗真菌治療，如那他霉素滴眼液等。如果真菌性角膜炎癥狀比較嚴重，局部用藥治療效果不佳，可以聯合全身使用抗真菌藥物進行抗感染治療，如氟康唑、咪康唑、伊曲康唑、伏立康唑、酮康唑等。此外，患者還需要注意日常護理，避免眼部掉入灰塵或者異物。