膽道閉鎖在新生兒還是相對比較常見，是一種進展性的膽管閉鎖和硬化性的病變。很多患兒出生時能夠排泄，但是隨著病情的進一步進展會造成完全性的膽管閉鎖。

目前有兩種學派，一種學派支持先天性的發育畸形，主要是在胚胎期的2-3個月出現的發育障礙，膽管無空泡化或者空泡化不全，形成了膽道全部或者部分的閉鎖，膽道的閉鎖常合并有下腔靜脈缺如、門靜脈異位、內臟易位等，認為本病和染色體的異常有密密切的關系。

另外一種是病毒感染所造成的，病毒感染可以引起膽管上皮損壞、膽管周圍炎以及纖維性變性，從而引起膽道部分或者完全的閉鎖。

有些人認為新生兒的肝炎波及肝外膽道是導致膽道閉鎖最主要的原因，此外還有人認為本病與自身的免疫以及膽管的缺血也有著密切的關系。