男性結石與身體的代謝因素、尿路梗阻、感染、異物和藥物的使用是形成結石的最常見的原因。

代謝因素，比如體內尿結石的物質排出增加，比如尿中鈣、草酸、尿酸、胱氨酸排出增加，會導致形成結石的物質增多，尿ph改變，容易導致結石形成增加，比如在堿性尿中形成磷酸鎂銨，即磷酸鹽結石。

尿量減少，尿中鹽類物質增多，也容易導致結石。尿中抑制晶體形成的物質減少，比如枸櫞酸減少，也會導致。

局部因素，尿路梗阻、尿路感染和尿路存在異物，是誘發結石形成的局部因素，三者相互影響。一些藥物，比如抗艾滋病的藥物氨苯蝶啶、維生素d，都會導致結石成分增加。