先天性室間隔缺損可以通過一般治療、藥物治療、手術治療等方法處理。

1、一般治療：如果是很小的先天性室間隔缺損，并且做各項檢查后發現心臟的結構和功能無異常，暫時可以不治療，以定期隨訪為主。

2、藥物治療：臨床上沒有針對先天性室間隔缺損治療的藥物，以針對并發癥治療為主，常用的藥物有利尿劑、地高辛、血管擴張劑等，有減輕充血癥狀、改善心輸出量和降低左室負荷等作用。

3、手術治療：適用于病情嚴重的患者，如經導管介入行室間隔缺損封堵術、開胸直視修補術等。