直腸息肉以手術治療為主，手術方式可分為腸鏡下手術、微創或傳統手術等，患者應根據自身具體情況選擇合適的術式。

1、腸鏡下手術

對于體積較小的直腸息肉，一般可以在腸鏡下使用圈套器、活檢鉗進行摘除或通過電凝切除；體積較大的直腸息肉則通常需要做內鏡下黏膜切除術或內鏡黏膜下剝離術，大部分都可以在腸鏡下完整切除息肉。

2、微創或傳統手術

如果直腸息肉體積巨大，沒有辦法通過腸鏡完整切除，或者是距離肛門較近的直腸息肉，需要由醫生經肛門切除直腸息肉或行肛門內鏡微創手術；對于病理結果為息肉惡變的患者，可能還需要追加直腸癌根治術。