長時間佩戴眼鏡后眼睛疼痛可能由多種因素引起，包括瞳距不準確、度數不準確以及眼部炎癥等。

1.瞳距不準確

如果患者所佩戴的眼鏡瞳距不準確，尤其是誤差較大時，可能會引發三棱鏡效應。這可能會導致患者出現視覺疲勞、疼痛、視物重影以及其他不適癥狀。

2.度數不準確

驗光時如果度數不準確，而患者佩戴的眼鏡度數偏高，長期佩戴容易導致眼睛疲勞。在嚴重的情況下，還可能會引發眼睛疼痛和頭暈等不適癥狀。

3.眼部炎癥

眼部感染，如瞼腺炎或眶蜂窩織炎等，也可能導致眼睛疼痛。在炎癥刺激下，患者可能會出現眼痛、結膜充血、畏光、流淚等癥狀。這些癥狀與佩戴眼鏡本身并無直接關系。

對于佩戴眼鏡后出現眼部不適的患者，建議及時就診，以便準確評估病情并按醫囑進行治療。