皰疹結膜炎可能自愈，但并非所有情況都會如此。皰疹結膜炎的病程和恢復情況因個體差異和病情嚴重程度而異。

一般而言，輕微的病例可能隨時間推移自行緩解，尤其是當患者免疫系統較強時。這類患者可能經歷短暫的眼部不適、輕微的紅腫或少量分泌物，隨后逐漸好轉。

然而，大多數情況下，皰疹性結膜炎需要醫療干預。病毒性結膜炎往往伴隨較為明顯的眼紅、疼痛、大量的分泌物、光敏感及視力模糊等癥狀，這些癥狀不僅影響生活質量，還可能對視力造成長遠影響。未經治療，病情可能持續惡化，甚至引起角膜炎癥，導致角膜瘢痕，影響視力。