陰莖發育不良多數情況下是由于先天發育異常、染色體異常、陰莖炎、垂體瘤等原因引起的。

1.先天發育異常

患者處于胚胎時期時，由于其胚胎生殖結節發育不良，可導致其發生陰莖發育不良的情況。

2.染色體異常

患者出現多X綜合征、多染色體畸形等染色體異常的情況時，可對其陰莖的發育產生影響，從而引起陰莖發育不良。

3.陰莖炎

患者發生陰莖炎的情況時，炎癥因子可對其陰莖組織產生刺激，造成其陰莖充血、水腫，引發陰莖發育不良情況的發生。

4.垂體瘤

患者發生垂體瘤的情況時，可造成其垂體分泌的睪酮激素減少，無法維持患者陰莖的正常發育，此時其也會出現陰莖發育不良的情況。