新生兒金黃色葡萄球菌感染的主要原因可能包含臍帶感染和皮膚感染等，需要及時就醫治療。

1.臍帶感染

在新生兒剛出生時，臍帶需要通過結扎處理。如果在這個過程中，臍帶的局部消毒不夠嚴密，就有可能導致金黃色葡萄球菌通過臍帶進入新生兒的體內，從而引起感染。

2.皮膚感染

新生兒的皮膚非常嬌嫩，一旦出現破損或感染，金黃色葡萄球菌就有可能通過皮膚的破口侵入身體，導致感染。

除了以上兩個主要原因外，新生兒金黃色葡萄球菌感染還可能由其他原因引起。因此，一旦懷疑新生兒可能出現了金黃色葡萄球菌感染，應立即前往醫院就診。