克羅恩肛瘺和普通肛瘺的區別在于病因不同。克羅恩病是一種腸道炎癥性疾病，而肛瘺是肛門周圍皮膚和直腸之間的異常通道。

具體來說，克羅恩病是一種自身免疫性疾病，可使得腸道炎癥和潰瘍，這些炎癥和潰瘍可能會累及肛門周圍的皮膚，從而導致克羅恩肛瘺。而普通肛瘺則是由于肛門周圍皮膚感染、損傷或膿腫等原因引起的。

在治療方面，克羅恩肛瘺和普通肛瘺的治療方法也有所不同。克羅恩肛瘺的治療通常需要結合藥物治療和手術治療，以控制腸道炎癥和治療肛瘺。而普通肛瘺的治療則通常只需要手術治療，將瘺管切除或切開，以達到治療的目的。