高位肛瘺和低位肛瘺病變部位、并發癥、治療方式等存在區別。

1、病變部位

低位肛瘺患者瘺管位于肛門外括約肌深部以下，常靠近肛門；而高位肛瘺位于肛門外括約肌深部以上，一般不靠近肛門。

2、并發癥

高位肛瘺患者可能因為手術治療破壞肛周肌肉組織，從而引起大便失禁現象；低位肛瘺患者并發癥較少，手術治療大多不會造成大便失禁。

3、治療方式

低位肛瘺和高位肛瘺都需要手術治療，但是低位肛瘺大多利用手術切除壞死組織，引流分泌物治療。高位肛瘺手術可能引發大便失禁，因此大多選擇掛線療法，若此方式無法緩解再選擇手術切除。