部分腘窩囊腫不治療也不會對身體產生較大的危害，少部分患者可能出現關節不適、神經受壓、血管受壓等問題。

1、關節不適

腘窩囊腫患者不進行治療可能使囊腫進一步增大，從而引起局部疼痛、憋脹感、關節僵硬等不適，嚴重時可影響正常生活或工作。

2、神經受壓

其次，增大的腘窩囊腫可能壓迫局部神經，造成患肢麻木、皮膚感覺消退等情況，影響正常的行走。

3、血管受壓

如果患者沒有積極治療導致囊腫壓迫血管，可能可伴隨肢體蒼白、疼痛、麻痹等癥狀，甚至會引發軟組織缺血性壞死。