寶寶益生菌的最佳服用時機通常是在哺乳過后半小時左右，或者空腹時以及隨餐一起服用。

益生菌的主要作用是調節腸道菌群，改善嬰兒的胃腸道功能癥狀，促進腸胃消化。在哺乳后半小時左右，乳汁進入胃里會稀釋胃液胃酸，從而減輕胃內的胃酸濃度，有利于益生菌的生長和發揮作用。而在空腹時或隨餐服用，也有利于益生菌順利到達腸道并定殖，從而起到最佳的效果。

但請注意，益生菌屬于活菌，所以在服用前需要用常溫的水稀釋，且水溫不適合過高，盡量不要超過37度，即沖即喝，以防止高溫破壞益生菌的活性。同時，也需要在專業醫生的指導下根據寶寶的具體情況來選擇合適的益生菌種類和劑量。