百日咳恢復期咳嗽加重，主要可能與以下幾個因素有關：

1.氣道高反應性

百日咳桿菌感染后，氣道黏膜的高反應性可能持續存在，導致冷空氣、灰塵等刺激下咳嗽加重。

2.氣道炎癥

百日咳桿菌在呼吸道黏膜上附著后，可能刺激黏膜，導致充血、水腫和炎性分泌物滲出，從而加重咳嗽。

3.未按規范用藥

若治療過程中未遵照醫囑定期服用抗生素或抗病毒藥物，可能導致治療效果不佳，咳嗽加重。

4.繼發感染

恢復期時，患者免疫力相對較低，若出現繼發細菌感染，也可能導致咳嗽加重。

所以，在百日咳恢復期，患者應遵醫囑按時服藥，并注意營養和休息，避免刺激因素，以減輕咳嗽癥狀。