對于兩歲寶寶患有急性氣管炎并發熱至39℃的情況，需要采取以下綜合措施：加強護理、對癥治療以及對因治療。

1.加強護理

確保寶寶獲得充足的休息，避免過度活動。鼓勵寶寶多喝水，保持充足的水分攝入。保持寶寶所處的居室通風良好，定期開窗通風。合理調整寶寶的膳食，避免給予刺激性食物，以免加重癥狀。

2.對癥治療

針對寶寶的發熱癥狀，體溫達到39℃時，可以使用布洛芬或對乙酰氨基酚進行退熱。請在醫師指導下正確使用藥物，并密切關注寶寶的體溫變化。

3.對因治療

若該病由細菌感染（如肺炎鏈球菌）引起，需要使用頭孢克洛等抗生素進行抗感染治療。如果是肺炎支原體感染引起，則應使用阿奇霉素進行抗感染治療。另外，上述藥物均需在醫師指導下使用。