性激素六項檢查在月經周期的不同階段都可以進行，但通常建議在月經來潮后的第3-5天進行檢查。

在月經來潮后的第3-5天屬于卵泡早期，此時進行性激素六項檢查可以反應卵巢的功能狀態。

然而，如果月經長時間不來或者急于了解檢查結果，可以隨時進行檢查。對于這種情況，檢查時間就默認為月經前的時間，其結果也就參照黃體期的檢查結果。

另外，如果是閉經或者月經周期不規則，也可以隨時檢查，但空腹檢查仍然是最佳的。對于使用激素調理可以來月經的情況，需要在藥物治療之后再檢查。比如，如果用過黃體酮后來月經，那么在第3天查內分泌可能會不準確。