牛黃上清丸的副作用目前還沒有完全明確，但少數(shù)患者服用后可能出現(xiàn)胃腸道不適和皮膚過敏反應(yīng)。

由于牛黃上清丸具有較強(qiáng)的清熱瀉火功效，其中含有大黃、黃連、黃柏、黃芩等苦寒藥物，所以部分脾胃功能較弱的患者服用后可能會出現(xiàn)腹痛、惡心、嘔吐、腹瀉等胃腸道不舒服的癥狀。此外，少數(shù)對本品成分過敏的患者可能會出現(xiàn)藥物性皮疹、皮膚瘙癢等反應(yīng)。

在使用牛黃上清丸時，建議遵循專業(yè)中醫(yī)醫(yī)師的指導(dǎo)。用藥期間應(yīng)密切觀察患者病情變化，如出現(xiàn)嚴(yán)重不適反應(yīng)，應(yīng)及時前往醫(yī)院進(jìn)行對癥治療，以防止病情惡化。若服藥3天后癥狀仍未緩解，建議去醫(yī)院就診。