真菌性角膜炎治療原則為明確診斷、局部治療以及全身治療、手術治療等。

1.明確診斷

刮片鏡檢是刮取角膜病灶處的分泌物，進行涂片和鏡檢，以確定有沒有真菌感染。培養鑒定將刮片進行培養，鑒定出具體的真菌種類。藥敏試驗根據培養結果，選擇敏感的抗真菌藥物進行治療。

2.局部治療

使用眼藥水或眼膏局部滴注或涂抹，如氟康唑、那他霉素等。

3.全身治療

對于嚴重的病例，需要口服或靜脈注射抗真菌藥物，如伊曲康唑、伏立康唑等。給予患者營養支持，增強免疫力。

4.手術治療

清創術可清除角膜病灶處的壞死組織，促進愈合。對于角膜潰瘍穿孔的病例，需要進行板層角膜移植術，重建角膜的完整性。