精子畸形率高的原因主要有以下幾點：

1.精索靜脈曲張

精索靜脈曲張會導致睪丸局部溫度升高，血管活性物質增加，從而影響精子的發生。

2.生殖道感染

附睪、輸精管、精囊和前列腺等生殖道或生殖腺體的急慢性炎癥，會影響精液中的各種指標。

3.內分泌異常

下丘腦-垂體-睪丸性腺軸功能紊亂，會影響精子的發生，導致精子畸形率升高。

4.其他因素

使用激素或某些化學藥物，長期吸煙、酗酒，長期接觸放射性物質、高溫、噪聲等，也會導致精子畸形率升高。