腦干腦炎的治愈率因個體差異、病情嚴重程度和治療時機等多種因素而異。

一般來說，如果在腦干腦炎的急性期進行積極的治療，是有可能達到治愈的。治療腦干腦炎的方法包括免疫調節治療、抗病毒治療、抗感染治療、抗炎治療和神經營養治療等。然而，由于腦干腦炎可能由多種原因引起，如皰疹病毒、自身免疫性疾病等，且部分病毒對抗腫瘤藥物不敏感，所以治好的概率可能偏低。

此外，如果患者出現了神經功能損傷比較嚴重的癥狀，或者治療不及時、不對癥，可能會留下后遺癥。腦干腦炎的后遺癥可能包括對吞咽功能、運動功能的影響等，且這些后遺癥一般是無法徹底根治的。

所以，一旦出現腦干腦炎的癥狀，應盡早到正規醫院進行系統的檢查和治療，以減少后遺癥的風險。