過敏性紫癜腎炎一般發生于過敏性紫癜發病后一個月左右，臨床中應該與急性腎炎、系統性紅斑狼瘡、系統性血管炎、特發性血小板減少性紫癜、原發性IgA腎病、急腹癥等疾病鑒別。
1、急性腎炎
急性腎炎血清C3多數下降，無皮疹、關節炎及腸絞痛表現，可通過皮膚活檢及腎活檢加以鑒別。
2、系統性紅斑狼瘡
系統性紅斑狼瘡累及腎臟時常以非侵蝕性關節炎、腎小球大量免疫復合物沉積、血清ANA、抗dsDNA 及抗Sm 抗體陽性為特征。
3、系統性血管炎
系統性血管炎血清抗中性粒細胞胞漿抗體常為陽性，臨床常表現為急進性腎炎。
4、特發性血小板減少性紫癜
特發性血小板減少性紫癜患者往往血小板減少，皮膚、黏膜出血傾向，，骨髓巨核細胞代償性增生，抗血小板抗體陽性。
5、原發性IgA腎病
少數過敏性紫癜腎炎患者早期僅有腎臟損害而無皮疹及腎外器官受累，類似原發性IgA腎病，但過敏性紫癜腎炎血管炎表現更為突出。
6、急腹癥
腹型過敏性紫癜腎炎在紫癜出現之前，應與急性闌尾炎、出血性腸炎、腸穿孔、急性胰腺炎或腎結石等鑒別。