滴蟲病由于是陰道滴蟲常伴泌尿系統的滴蟲感染，并可隱藏在子宮頸腺體、陰道皺襞及尿道下段，故單純局部用藥不易徹底消失，停藥后易復發，使疾病經久不愈，因此要辯證施治。滴蟲病患者的性伴侶必須同時治療.
一、中醫治療
中醫常把本病分為兩型辨證施治，即濕熱生蟲證和肝腎不足證。
1、濕熱生蟲證
主要的臨床表現為外陰或陰中瘙癢或奇癢難忍，白帶量多，呈灰黃色或膿樣，有腥臭味，可伴有尿頻、尿急、尿道灼痛。在醫院作婦科檢查發現陰道或子宮頸粘膜有充血或散在出血點。這是由于濕熱生蟲，化腐化毒，與人體氣血相搏出現的。治療宜清熱除濕，殺蟲止癢。
2、肝腎不足
生殖器滴蟲病主要癥狀為外陰及陰道內瘙癢不堪，白帶量少色白，外陰皮膚肥厚，色紫褐或灰白，常伴有心煩寐少，頭昏眼花，月經紊亂，舌質紅、舌苔少。這是由于濕熱之邪日久傷及肝腎，致使肝腎不足，濕熱內蘊，正虛邪戀，病情呈虛實夾雜之候。治療宜滋補肝腎，清熱除濕。
二、局部治療
1、滴蟲性陰道炎
先用肥皂棉球擦洗陰道壁，并用溫開水沖洗陰道。
2、口腔清潔
鹽水漱口，保持口腔清潔衛生，睡前不進食甜味食品，如糖果、點心等。
三、特殊治療
1、孕婦的治療
由于甲硝唑對嚙齒動物有致癌作用，對細菌也有致突變作用,故妊娠頭3個月內不應服用，而應以局部治療為主，但療效不理想。對于妊娠中期以后仍有嚴重癥狀的病人可以考慮甲硝唑2.0g一次頓服療法。
2、性伴侶的治療
滴蟲病患者的性伴侶必須同時接受治療，方法劑量相同。
四、其他
1、盡量多喝水
臨床證明，每天大量飲水，2—3小時排尿一次，能避免陰道毛滴蟲在尿路的繁殖，可降低尿路感染的發病率，這是防治尿路感染最實用有效的方法。因此，這一無公害的辦法在尿道炎發作前期或緩解階段有著不可替代的作用。
2、講究個人衛生
要勤洗澡，不提倡洗盆浴，衣物要單獨存放;要經常換洗內褲，特別是新內褲或長久不穿的內褲，穿之前要清洗晾曬;穿透氣好、吸濕性強的棉織品內褲，盡量少穿緊身褲或牛仔褲，多穿透氣性好的裙裝，這對保護女性身體健康是非常重要的。