臨床上治療腹瀉的藥物很多，有專門用于止瀉的功能性止瀉藥，亦有根據病因選用的抗菌藥、抗病毒藥，以及各種腸粘膜保護劑、微生態調節劑等。上述許多藥物在治療腹瀉中雖然療效較好，但其中有些藥物對于機體發育尚不完善的小兒來說則不宜服用。鑒于小兒腹瀉是兒科常見病、多發病，為人父母者又習慣自行給藥，因此有必要講述一下小兒腹瀉不宜選用的藥物。
易蒙停(洛哌丁胺)
適用于各種病因引起的急慢性腹瀉的治療。但其作用強烈，用于低齡兒童易致藥物不良反應，如影響中樞神經系統等，加之曾有新生兒用藥致死的報道，故國內外均限制用于低齡兒，如我國易蒙停使用說明書中就規定：5歲以下兒童禁用。
復方地芬諾酯(復方苯乙哌啶)
適用于急慢性功能性腹瀉又慢性腸炎的治療。該藥每片含鹽酸地芬諾2.5mg、硫酸阿托品0.025mg，其中地芬諾酯對腸道作用類似嗎啡，可直接作用于腸平滑肌，作用亦很強烈。由于國內外不斷有應用該藥致小兒中毒甚至致死的報道(死亡病例集中于小于兩歲的嬰幼兒)，又因該藥小兒用藥劑量至今尚無統一標準，因此兩歲以下嬰兒禁用，兩歲以上小兒應慎重使用(嚴格控制用藥劑量)。
氟哌酸(諾氟沙星)
對致病性和產毒性大腸桿菌、沙門菌屬等所致的胃腸炎、菌痢有良好療效，臨床應用廣泛，為人們熟知。但因該藥及其同類(喹諾酮類)藥物有引起骨病變的可能，因此，12歲以下小兒不宜選用。
四環素
具有廣譜抗菌作用，治療感染性腹瀉具有一定療效。但8歲以下小兒應用四環素及同類藥物如土霉素、多西環素(強力霉素)、米諾環素(美滿霉素)等可致恒齒感染、牙釉質發育不良和骨生長抑制，因此8歲以下的小兒應避免應用此類藥物。
藥用炭
能吸附導致腹瀉及腹部不適的多種有毒與無毒刺激物，減輕對腸壁的刺激，減少蠕動，從而起到止瀉作用。但由于該藥吸附作用強助無選擇性，對消化酶如胃蛋白酶、胰酶的生長活性均有影響，長期應用可致小兒營養不良，故3歲以下小兒腹瀉或腹脹，禁止長期應用。