上呼吸道、口腔的感染灶必須加以根治。口腔手術時，應將分泌物盡量吸出。昏迷或全身麻醉患者，應加強護理，預防肺部感染。早期和徹底治療是根治肺膿腫的關鍵。治療原則為抗炎和引流。
1、內科治療
(1)急性期主要應用抗生素治療，根據痰培養及藥敏試驗選擇藥物。可靜脈注射或應用介入放射學的方法膿腔局部給藥。效果很好用藥劑量要夠大，療程在1～2個月，一定要持續到臨床癥狀完全消失，胸部X線檢查見膿腔及炎癥完全消失，僅留下少量纖維索條陰影。如好轉慢，要考慮耐藥菌的問題，反復痰培養及藥敏試驗，更換適當藥物。
(2)體位引流：及時把膿腔膿液排出，可明顯減輕中毒癥狀。根據膿的多少，每天體位排膿數次，每次15～30min，根據病變所在部位采取適當的體位，也可進行纖支鏡檢查明確膿的來源。體位引流可與霧化吸入療法結合進行，大咯血者暫不宜體位引流，因有導致再咯血的危險。
(3)對癥及支持療法：應用支氣管解痙劑、祛痰劑等，增加營養，必要時輸血，特別在有明顯貧血及準備手術前。
經過內科治療后大部分急性病人可以痊愈，2～3個月后不愈者轉為慢性后考慮手術治療。
2、外科治療
肺膿腫的外科治療是行肺切除。肺膿腫的肺切除術前需要精心準備，才能降低并發癥率及死亡率。①術前應用有效抗生素控制肺部炎癥，痰量最好能減少至50ml左右(實際上不少病人做不到)，由膿性變為稀白痰。術前除急癥手術外，最好治至中毒癥狀消失，體溫、脈搏穩定。②對貧血、血漿蛋白低的間斷輸血，給高蛋白、富維生素飲食。③體位排痰。④準備足夠的血源，一般需2000～3000ml。
手術適應證的選擇：①藥物治療2～3個月后仍痰多、咯血、反復急性感染。胸部X線檢查見有不可逆病變，如>2cm的厚壁空洞、大塊炎癥、纖維化、廣泛支氣管擴張、因支氣管狹窄所致的肺不張及張力性空洞等。②并發膿胸、支氣管胸膜瘺、食管瘺，或有反復氣胸。③不能除外肺癌。④大咯血或中毒癥狀無法控制，但對年老體弱或危險性大的病人，目前在藥物控制下，不一定要冒風險做手術。