生殖道衣原體感染的治療原則是
①早期診斷、早期治療;②及時、足量、規則治療;③不同病情采用不同的治療方案;④同時治療性伴。對于成人和青少年患者，可使用四環
素類藥物(如多西環素、米諾環素、四環素等)、大環內酯類藥物(如阿奇霉素、紅霉素、琥乙紅霉素、羅紅霉素、克拉霉素等)和喹諾酮類藥物(如氧氟沙星、左氧氟沙星等)等藥物治療，療程為1～2周。
對于妊娠期患者，可使用紅霉素、琥乙紅霉素、阿齊霉素治療，療程為1～2周。孕婦禁用四環素類和喹諾酮類藥物。這些藥物治療生殖道衣原體感染的治愈率多在90%以上。
當治療結束后，病人的自覺癥狀消失，檢查男性病人無尿道分泌物，尿沉渣無白細胞，女性病人宮頸黏液膿性分泌物消失，則可認為臨床治愈。在判斷是否痊愈時，一般不作病原體檢查。生殖道衣原體感染經及時正規治療后，多能治愈，無任何后遺癥。如病人經正規治療但癥狀持續存在，或癥狀消失后又出現，最可能的原因是其性伴未經治療，發生再感染，或是存在引起尿道炎或宮頸炎的其他原因或病原體(真菌、病毒、支原體等)感染，應到醫院復診以查明原因。
要強調的是，治療性伴是治療衣原體感染的重要組成部分，對性伴進行治療可降低衣原體感染的復發率。此外，沙眼衣原體尚未出現對抗生素的明顯耐藥性，因此病人在接受治療時，不必擔心衣原體耐藥的問題。