良性骨腫瘤或瘤樣病變以手術刮除或切除為主。手術力求徹底，以免復發或引起惡變，但應盡量保留肢體功能。對于惡性腫瘤劓應以搶救生命為主，只有在不降低生存率的前提下，才可考慮保留肢體的問題。目前常用的手術方法有刮除術、切除術、截除術、骨瘤段肢體切除和遠端再植術、截肢術、和關節離斷術。
1..刮除術是將包含腫瘤的骨壁切開，將其中的腫瘤組織刮除干凈。本手術適用于掌指骨的內生軟骨瘤、骨囊腫、骨嗜伊紅肉芽腫和范圍較小的骨巨細胞瘤。腫瘤刮除后所遺留的空腔可用植骨塊充填。
2.切除術是將向骨外突出生長的腫瘤自其基底部切除的手術，主要適用于骨軟骨瘤。切除應包括該腫瘤的軟骨帽蓋、包圍帽蓋的纖維組織和全部基底。
3.截除術是將腫瘤所在的一段骨干整段切除。適用于破壞范圍較大的巨細胞瘤和一些低度惡性的腫瘤如纖維肉瘤、軟骨肉瘤等。骨干截除后所遺留的缺損有的不需修補如腓骨近端和尺骨遠端，大多數則需要用人造關節、異體骨或自體骨進行修補。
腫瘤段肢體切除和遠端再植術是斷肢再植術的新發展。將腫瘤所在的一段肢體包括皮膚、肌肉、神經、血管和骨骼整段切除，再將遠端肢體移植到近端去。本手術適用于上肢低度惡性的腫瘤如纖維肉瘤，軟骨肉瘤等。
截肢術或關節寓斷術是殘廢性手術，必須經過周密研究，充分討論，確屬必要才能施行。手術目的在于搶救生命，因此，一經決定，不應拖延時間，應盡早施行。對于已有內臟轉移的晚期惡性腫瘤，局部瘤體巨大、疼痛嚴重的，為了減少痛苦，也可作姑息性截肢。