手術切除是惟一有效的治療方法。以往考慮到該腫瘤將隨著骺板閉合會停止生長，而且惡變率極低(單發性在0.5%～1%，多發性為2%左右)，多主張出現局部疼痛、妨礙關節活動或壓迫血管、神經和臟器時，才是手術切除的指征。目前，普遍提倡單發性骨軟骨瘤一經確診，就應擇期手術切除。
由于多發性骨軟骨瘤病變數目多，難以一次手術切除。而采取數次或數十次手術切除腫瘤，病人難以接受，所以，只能選擇性地切除那些有癥狀或妨礙關節運動和伴發肢體畸形的骨軟骨瘤。肢體畸形的矯形手術可視其復雜程度，可與腫瘤切除術一期完成，或分期手術。
瘤體壓迫神經，血管或影響關節活動，以及蒂部外傷發生骨折的，均有手術切除的指征。當然無明顯癥狀的，也不禁忌手術。手術的重點是盡量從基底切除而不要剝離局部覆蓋的骨膜。軟骨帽和骨膜要一并切除，以免腫瘤復發。同時注意防止損傷骺板。