鼻淚管發育異常
淚液排出部在胚胎發育中逐漸形成，其中鼻淚管的形成最遲，常常到出生時鼻淚管下端仍有一粘液皺襞部分或全部遮蓋鼻淚管開口。鼻淚管下端發育不全，沒有完全形成管道化或留有膜狀阻塞，鼻淚管在鼻腔出口處的Hasner"s膜未破裂或上皮碎屑堆積堵塞鼻淚管，產道感染引起的結膜炎波及淚道，以及鼻淚管骨部狹窄或鼻部畸形都可導致先天性淚道阻塞的發生。出生時鼻淚管末端多Hasner"s膜閉, 而90%的患兒生后4~6周時此膜才自然開。也有學者認為胎兒發育第8月時下口開放，至出生前淚道尚未完全通暢。21-三體的患兒由于淚道發育異常經常伴有先天性淚道阻塞，且使用常規的淚道探通術效果差。
淚道阻塞的病原體
過去先天性淚道阻塞的主要病原體為革蘭氏陽性的球菌如鏈球菌、肺炎球菌等，由于抗生素的濫用，革蘭氏陰性菌也開始出現，現在的主要致病菌為葡萄球菌。