一、術后便秘
Pena手術應用后，近年來無肛術后大便失禁的發生率大幅度降低，第二骶骨以下骶骨發育良好者很少出現大便失禁。而無肛術后合并便秘現象則日益受到人們的重視，其趨勢是直腸位置越低，合并便秘的發生率越高，且女孩較男孩高。
其病因尚不完全清楚，但多傾向于遠端直腸的神經和肌肉系統發育異常，對于頑固性便秘合并巨大直腸和乙狀結腸者多主張手術切除。
二、一穴肛的治療
對于高位一穴肛患兒的治療仍然是一個難點，為減少患兒心理和生理上的痛苦。目前主張早期一次性完成尿道、陰道和肛門成形術。對于陰道膀胱瘺合并尿失禁的患兒，術中通過重建膀胱頸和尿道后，患兒仍然可以獲得良好的排尿控制功能。
三、腹腔鏡技術的應用
世界上許多小兒外科中心開始應用腹腔鏡技術治療高位肛門直腸畸形和復雜的一穴肛畸形。
手術的關鍵技術
①腹腔鏡下明確盆腔器官的病變(如子宮、陰道、尿道瘺和直腸等)②游離乙狀結腸系膜，松解直腸和乙狀結腸。
③游離、切斷和結扎直腸泌尿系瘺。
④明確兩側恥骨尾骨肌間隙，指導經會陰的穿刺針穿過其中心，進而形成隧道，將直腸從中穿出，成形肛門。此手術的優點是打擊小，穿過橫紋肌復合體中心準確，對肌肉損失小，因此大大提前了手術年齡。目前許多醫生采用此術式在新生兒期一次行肛門成形術，免除了傳統的造瘺之苦。但是此術式的應用只有兩年的歷史，遠期的排便控制功能尚有待于觀察。