先心病患兒的手術治療時機需根據不同的病種及其嚴重程度來定。理論上講先心病患兒年齡大于2歲，則其肺血管床均會發生器質性改變，應在此前手術。原則是：盡可能在幼年手術，盡早改善全身供血供氧，在繼發解剖病變加重前手術糾正。
癥狀、病變較輕，對生長發育影響不大的先心病(如小的房間隔缺損、小的室間隔缺損)患兒，因其有自然愈合的可能(一般在2歲以內愈合，5歲以后愈合的可能性小)，可暫不手術，但應每半年至一年隨診復查一次，以掌握肺動脈壓變化情況及缺損愈合情況，確定是否手術及手術時機。
對一些癥狀明顯(如反復呼吸道感染、肺炎、心功能不全)、病變較重(如完全性肺靜脈異位引流、房室間隔缺損、大的室間隔缺損、大的動脈導管未閉、或復合畸形患兒)的病人，應及時手術;
法樂四聯癥患兒需在2歲內(最好一歲以內)予以手術根治，長期缺血缺氧將影響其它器官的發育、加重繼發畸形、影響手術遠期療效，而對于常出現缺氧發作的患兒則無年齡限制，應盡早手術;
嚴重紫紺的患兒如大動脈轉位、肺動脈閉鎖需在新生兒期立即手術;
對某些嚴重低氧血癥、酸堿失衡，并進行性惡化;或并發反復呼吸道感染、呼吸衰竭，心力衰竭，內科治療難以見效的新生兒、嬰幼兒危重先心病患兒則應予以急診手術;
某些嚴重畸形的先心病需分期手術，在嬰幼兒期予以姑息手術治療，根據病情再行二期根治術;
大多數先心病如果不治療，心臟畸形及繼發病變會越來越復雜、病情越來越重。早發現、早診斷、早治療是關鍵。