以預防為主在受孕前男女雙方都應到醫院做仔細的檢查包括生殖器檢查及必要的化驗有條件的可做染色體檢查，如能找到原因針對原因進行治療已經妊娠者也要按照醫生的指導針對原因進行不同的安胎處理。
如果曾經有過胎停育和自然流產史的應該在下次懷孕前找到病因以避免重蹈覆轍，應該用電化學發光法查內分泌和抗胚胎抗體;做陰道鏡動態數字化子宮輸卵管造影和陰道四維彩超封閉抗體和抗胚胎抗體有本質區別封閉抗體是無特異性的東西真假難辨;抗胚胎抗體是特異性的診斷措施基因疫苗和淋巴療法也是不同的抽血貌似一樣一個細胞水平一個是分子水平。
中醫認為本病多屬腎氣不足沖任不固所致宜在未孕之前補腎健脾固氣養血進行調治，具體的方藥可用補腎固沖丸每次6-10克一日三次月經期停服以2個月為一個療程可服1-3個療程。
對于子宮內口松弛所致之妊娠晚期習慣性流產一般在孕前做宮頸埋箍術治療維持妊娠至后期甚至足月。