早期癥狀與敗血癥相似，主要為體溫不穩，足月兒多表現發熱，早產兒則體溫不升，其他癥狀有神萎、不哭、拒乳、面色蒼灰，黃疸加深。此時必須仔細觀察病情發展，如發現煩躁不安、兩眼凝視或閉眼嗜睡，提示發生腦膜炎的可能。驚厥開始時可能只有眼瞼或咀角輕微抽動，以后出現指趾抽動或肢體抽搐。肌張力增強或低下，病情可能迅速惡化，表現呼吸不規則、暫停或衰竭。有時皮膚出現花紋，血壓下降而至休克。新生兒由于囟門和骨縫未閉合，顱內壓增高的征象出現較晚。
如治療用藥正確，腦脊液變化已減輕，培養也陰轉，但仍有不明原因的發熱，或癥狀又反復，常由于合并腦室膜炎，少數可能因并發硬腦膜下積液。腦膜炎晚期如頭圍增大，眼球下轉，表示已并發腦積水。