1.感染
與蛋白質營養不良、免疫球蛋白水平低下有關。主要原因有：①尿中丟失大量IgG。②B因子(補體的替代途徑成分)的缺乏導致對細菌免疫調理作用缺陷;③營養不良時，機體非特異性免疫應答能力減弱，造成機體免疫功能受損。④轉鐵蛋白和鋅大量從尿中丟失。轉鐵蛋白為維持正常淋巴細胞功能所必需，鋅離子濃度與胸腺素合成有關。在發現抗生素之前，本綜合征病人主要死于感染。常見感染部位有呼吸道、泌尿道、皮膚和原發性腹膜炎等。
2.血栓、栓塞性并發癥
與血液濃縮、高黏狀態、抗凝因子缺乏和纖溶機制障礙有關。發病率10%～50%。多為腎靜脈血栓，次為下肢靜脈血栓，甚至冠狀血管血栓。可伴發致死性肺栓塞。
3.營養不良
除蛋白質營養不良引起的萎縮、兒童生長發育障礙外，尚有維生素D缺乏、鈣磷代謝障礙，腎病綜合征時血循環中的VitD結合蛋白(Mw65000)和VitD復合物從尿中丟失，使血中1，25(OH)2VitD3水平下降，致使腸道鈣吸收不良和骨質對PTH耐受，因而腎病綜合征常表現有低鈣血癥，有時發生骨質軟化和甲旁亢所致的纖維囊性骨炎。還有繼發性甲狀旁腺功能亢進、小細胞型(缺鐵性)貧血、鋅缺乏所致乏力、傷口愈合緩慢及銅缺乏等多方面的營養不良表現。
4.腎功能損傷
可因嚴重的循環血容量不足而致腎血流量下降，發生一過性腎前性氮質血癥。經擴容、利尿治療后恢復。另可出現無低血容量表現、無任何誘因突發的腎功能急驟惡化，膠體溶液擴容后不能利尿反而引起肺水腫，常需透析治療，多能于7周左右自然緩解，稱之為特發性急性腎功能衰竭。另外也可引起真性腎小管壞死或近端腎小管功能紊亂。
5.內分泌及代謝異常
腎病綜合征尿中丟失甲狀腺結合蛋白(TBG)和皮質激素結合蛋白(CBG)。臨床上甲狀腺功能可正常，但血清TBG和T3常下降，游離T3和T4、TSH水平正常。由于血中CBG和17羥皮質醇都減低，游離和結合皮質醇比值可改變，組織對藥理劑量的皮質醇反應也不同于正常。
6.除以上并發癥外，還可能有腹水、肺水腫等