抗生素的選擇應根據感染細菌的種類以及對肺組織和氣道分泌物的穿透力而定病情較輕者以口服為主較重者采用靜脈用藥通常給予廣譜抗生素如磺胺甲噁唑/甲氧芐啶(復方磺胺甲基異噁唑TMP-SMZ)0.48g2次/d口服首劑加倍;新型大環內酯類抗生素如：克拉霉素0.75g2次/d口服或阿奇霉素0.1g2 次/d口服;第二代頭孢霉素亦可供選擇如：頭孢呋辛納0.75g3次/d靜注或頭孢克洛(希刻勞)0.25g3次/d口服;氟喹諾酮類如環丙沙星 0.5～0.75g2次/d口服左氧氟沙星(左旋氧氟沙星)0.1g2次/d口服有報道經纖維支氣管鏡局部灌洗后注入抗生素可有顯著療效 。